Что означает название Алиса в Стране чудес?

Название и правда немного обманчиво, и дело здесь в особенностях перевода. В оригинале у Льюиса Кэрролла книга называется "Alice's Adventures in Wonderland", дословно "Приключения Алисы в Стране чудес" (Wonderland можно перевести и как "страна дива", "земля удивительного"). Английское слово wonder значит скорее "изумление", "нечто странное и поразительное", чем привычное русское "чудо" в смысле волшебства или праздника.

Получается, "Страна чудес" в заголовке - не страна волшебных подарков, а мир, где все устроено настолько непривычно и парадоксально, что вызывает постоянное изумление у героини и у читателя. Кролик с часами, чаепитие без начала и конца, Королева, играющая в крокет фламинго вместо молотка, - все это чудеса в смысле "нечто из ряда вон", а не в смысле доброй сказочности.

Борис Заходер, работая над своим пересказом в конце 1960-х, сохранил именно такое понимание и не стал переводить название буквально как "страна дива" или "земля удивления": вариант "Страна чудес" уже прижился в русской традиции задолго до него, еще с дореволюционных изданий, и звучал понятнее для детского уха.

Ощущение вашей внучки правильное: там правда много не по-доброму странного, и название с этим не спорит, оно как раз об этом и говорит.